تعتمد منظمة AMNIAG على حوكمة واضحة وتشاركية، تضمنها جمعية عامة ومجلس تنفيذي. يتيح هذا التنظيم إدارة شفافة وفعالة تركز على مصالح الأشخاص المصابين بداء السيلياك.